장기보유특별공제 (양도세 공제율·1세대1주택·배제)
부동산을 오래 보유하다 팔면 그동안 쌓인 물가상승분 등이 양도차익에 섞여 세 부담이 커집니다. 이를 덜어주는 장치가 장기보유특별공제로, 3년 이상 보유한 토지·건물·주택의 양도차익 가운데 보유기간에 비례한 금액을 빼 줍니다. 일반 자산과 1세대1주택의 공제율이 크게 다르고, 미등기나 조정대상지역 다주택처럼 공제가 아예 배제되는 경우도 있어 요건을 정확히 따져야 합니다. 공제율표와 계산 방법, 배제 대상, 임대주택 특례까지 국세청 자료로 정리합니다. 전체 세액 계산 흐름은 양도소득세 총정리에서 확인할 수 있습니다.
장기보유특별공제란
장기보유특별공제는 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱해 계산한 금액을 공제하는 제도입니다. 소득세법 제95조는 양도소득금액을 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 뺀 금액으로 정하고 있습니다1. 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 뺀 양도차익에서 이 공제를 빼면 양도소득금액이 되고, 여기서 다시 기본공제를 빼 과세표준을 만듭니다2. 즉 장기보유특별공제는 세율을 곱하기 전 단계에서 과세 대상 금액 자체를 줄여 주므로, 공제율이 높을수록 세 부담이 크게 낮아집니다.
적용 대상은 3년 이상 보유한 토지·건물, 그리고 조합원입주권입니다21. 다만 조합원입주권은 승계취득한 경우, 즉 남에게서 사들인 입주권은 대상에서 제외되고 원조합원의 입주권만 인정됩니다2. 주식·파생상품 같은 자산에는 장기보유특별공제가 적용되지 않으며, 부동산이라도 보유기간이 3년에 미치지 못하면 공제를 받을 수 없습니다.
보유기간은 자산의 취득일부터 양도일까지로 계산합니다. 3년 이상이면 공제가 시작되고 보유기간이 길어질수록 공제율이 계단식으로 올라가는데, 일반 자산과 1세대1주택은 서로 다른 공제율표를 적용받습니다. 뒤에서 두 표를 나누어 살펴봅니다.
일반 장기보유특별공제율
토지·건물과 1세대1주택이 아닌 주택, 조합원입주권에는 일반 공제율이 적용됩니다. 2021년 1월 1일 이후 양도분 기준으로 3년 이상 보유하면 6%가 공제되고, 이후 보유기간이 1년 늘어날 때마다 2%p씩 올라 15년 이상 보유하면 30%가 공제됩니다2. 30%가 상한이므로 15년을 넘겨 보유해도 공제율은 더 오르지 않습니다.
| 보유기간 | 일반 공제율 |
|---|---|
| 3년 이상 4년 미만 | 6% |
| 4년 이상 5년 미만 | 8% |
| 5년 이상 6년 미만 | 10% |
| 6년 이상 7년 미만 | 12% |
| 7년 이상 8년 미만 | 14% |
| 8년 이상 9년 미만 | 16% |
| 9년 이상 10년 미만 | 18% |
| 10년 이상 11년 미만 | 20% |
| 11년 이상 12년 미만 | 22% |
| 12년 이상 13년 미만 | 24% |
| 13년 이상 14년 미만 | 26% |
| 14년 이상 15년 미만 | 28% |
| 15년 이상 | 30% |
표에서 보듯 공제율은 보유기간 1년 단위로 정확히 2%p씩 올라갑니다2. 예컨대 5년 보유한 상가 건물은 10%, 10년 보유한 나대지는 20%가 공제됩니다. 보유기간이 애매하게 걸칠 때는 ‘3년 이상 4년 미만’처럼 만 단위로 끊어 해당 구간의 공제율을 적용하므로, 3년 11개월을 보유했다면 6% 구간에 해당합니다.
일반 공제율은 최대치가 30%에 그치기 때문에 뒤에서 볼 1세대1주택 공제율(최대 80%)보다 훨씬 낮습니다. 같은 부동산이라도 1세대1주택 요건을 갖추었는지에 따라 공제액이 두 배 이상 벌어질 수 있어, 주택을 팔 때는 어느 표가 적용되는지가 세액을 좌우합니다.
1세대1주택 장기보유특별공제율
1세대가 1주택을 3년 이상 보유하다 양도하면 일반 공제율 대신 훨씬 높은 1세대1주택 공제율이 적용됩니다. 이 표는 보유기간에 따른 공제와 거주기간에 따른 공제를 각각 계산해 합산하는 구조로, 두 항목을 더해 최대 80%까지 공제받을 수 있습니다2.
| 보유·거주기간 | 보유기간 공제 | 거주기간 공제 |
|---|---|---|
| 2년 이상 3년 미만 | — | 8% |
| 3년 이상 4년 미만 | 12% | 12% |
| 4년 이상 5년 미만 | 16% | 16% |
| 5년 이상 6년 미만 | 20% | 20% |
| 6년 이상 7년 미만 | 24% | 24% |
| 7년 이상 8년 미만 | 28% | 28% |
| 8년 이상 9년 미만 | 32% | 32% |
| 9년 이상 10년 미만 | 36% | 36% |
| 10년 이상 | 40% | 40% |
보유기간 공제는 3년 12%에서 시작해 매년 4%p씩 올라 10년 이상이면 40%가 됩니다2. 거주기간 공제도 매년 4%p씩 올라 10년 이상이면 40%인데, 보유기간과 달리 2년 이상 거주부터 8%가 인정된다는 점이 다릅니다2. 두 공제가 각각 40%씩이므로 10년 이상 보유하면서 10년 이상 거주한 1주택이라면 40%와 40%를 더해 최대 80%를 공제받습니다.
주의할 점은 거주기간 공제가 붙는 최소 요건입니다. 거주기간이 2년 이상 3년 미만인 경우에는 보유기간이 3년 이상일 때에 한정해 거주기간 공제 8%를 적용합니다2. 즉 짧게만 살고 팔면 거주기간 공제를 온전히 받기 어렵고, 실거주 기간이 길수록 공제율이 빠르게 커지도록 설계되어 있습니다.
거주요건과 계산 방법
장기보유특별공제액은 ‘양도차익 × 공제율’로 구합니다. 일반 자산은 보유기간만 보고 표1의 공제율을, 1세대1주택은 보유기간 공제율과 거주기간 공제율을 합한 값을 양도차익에 곱하면 됩니다. 이렇게 나온 공제액을 양도차익에서 빼면 양도소득금액이 되고, 이후 기본공제 250만원과 세율을 차례로 적용해 세액을 계산합니다2.
일반 자산 계산을 예로 들어 보겠습니다. 양도차익이 3억원인 상가 건물을 10년 보유하다 팔았다면, 일반 공제율표에서 10년 이상 11년 미만 구간은 20%입니다2. 공제액은 3억원 × 20% = 6,000만원이고, 양도차익 3억원에서 이를 빼면 양도소득금액은 2억4,000만원이 됩니다. 만약 같은 건물을 5년만 보유했다면 공제율이 10%로 낮아져 공제액은 3,000만원에 그칩니다.
1세대1주택은 공제 효과가 훨씬 큽니다. 양도차익이 4억원인 주택을 10년 이상 보유하면서 10년 이상 거주한 1세대1주택이라면, 보유기간 공제 40%와 거주기간 공제 40%를 합한 80%가 적용됩니다2. 공제액은 4억원 × 80% = 3억2,000만원으로, 양도소득금액은 8,000만원까지 낮아집니다. 같은 양도차익이라도 일반 자산(최대 30%)과 1세대1주택(최대 80%)의 공제액 차이가 이렇게 크기 때문에, 실거주 요건을 채우는 것이 절세에서 중요한 변수가 됩니다.
공제가 배제되는 경우
장기보유특별공제는 3년 이상 보유했다고 해서 언제나 받는 것은 아닙니다. 먼저 미등기 양도자산은 장기보유특별공제가 적용되지 않습니다2. 미등기로 판 자산은 보유기간과 관계없이 공제 대상에서 제외될 뿐 아니라, 양도소득기본공제 250만원까지 함께 배제되어 세 부담이 크게 늘어납니다2.
다주택자에 대한 배제도 중요합니다. 2018년 4월 1일부터 조정대상지역 내 다주택자가 그 지역의 주택을 양도할 때에는 장기보유특별공제가 배제됩니다3. 조정대상지역의 다주택 중과 대상 주택은 아무리 오래 보유했더라도 공제를 받을 수 없으므로, 다주택 여부와 주택 소재지가 공제 가능성을 가르는 기준이 됩니다.
정리하면 장기보유특별공제를 받으려면 첫째 3년 이상 보유, 둘째 등기된 자산, 셋째 조정대상지역 다주택 중과 대상이 아닐 것이라는 조건을 모두 충족해야 합니다. 특히 주택은 1세대1주택인지, 조정대상지역 다주택인지에 따라 공제율이 최대 80%에서 0%까지 극단적으로 달라지므로, 양도 전에 세대와 주택 현황을 정확히 확인해야 합니다.
임대주택 등 특례
조세특례제한법에는 일반 공제율보다 유리한 임대주택 특례가 별도로 마련되어 있습니다. 거주자가 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택을 10년(8년) 이상 임대한 뒤 그 주택을 양도하는 경우에는 70%(50%)의 장기보유특별공제율을 적용받습니다3. 이는 조세특례제한법 제97조의3에 따른 특례로, 2014년 1월 1일 이후 양도분부터 적용됩니다3.
또 다른 특례로, 거주자 또는 비거주자가 민간건설임대주택·민간매입임대주택·공공건설임대주택·공공매입임대주택을 6년 이상 임대한 뒤 양도하는 경우에는 임대기간에 따라 매년 2%씩 추가로 공제받을 수 있습니다3. 이는 조세특례제한법 제97조의4에 따른 것으로, 역시 2014년 1월 1일 이후 양도분부터 적용됩니다3. 즉 일반 공제율에 더해 임대기간 6년 이상부터 매년 2%p가 얹히는 구조입니다.
이러한 임대주택 특례는 임대주택 등록·임대의무기간 준수 등 세부 요건을 갖추어야 적용되며, 요건이 복잡하고 개정이 잦으므로 실제 적용 여부는 양도 전에 반드시 확인해야 합니다. 특례 대상이 아니라면 앞의 일반 공제율표 또는 1세대1주택 공제율표가 적용됩니다.
2026년 8월 3일 발표된 세제개편안에는 이 공제를 보유 중심에서 거주 중심으로 단계적으로 바꾸는 안이 담겼습니다. 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 적용될 예정이며 아직 국회 통과 전인 정부안입니다. 달라지는 공제율과 새로 생기는 공제 한도는 2026년 세제개편안 정리에서 확인할 수 있습니다.
자주 묻는 질문
장기보유특별공제는 몇 년부터 받나요? 토지·건물·조합원입주권을 3년 이상 보유해야 적용됩니다2. 3년 미만 보유한 자산은 장기보유특별공제를 받을 수 없습니다.
1세대1주택은 공제율이 얼마까지 올라가나요? 보유기간에 따른 공제(최대 40%)와 거주기간에 따른 공제(최대 40%)를 합산해 최대 80%까지 공제받을 수 있습니다2. 다만 거주기간이 2년 이상 3년 미만이면 보유기간 3년 이상일 때에 한정해 거주기간 공제가 붙습니다2.
미등기로 판 부동산도 장기보유특별공제를 받나요? 미등기 양도자산은 장기보유특별공제가 적용되지 않습니다2. 양도소득기본공제 250만원도 함께 배제됩니다2.
조정대상지역 다주택자도 공제를 받나요? 2018년 4월 1일부터 조정대상지역 내 다주택자가 그 지역 주택을 양도하면 장기보유특별공제가 배제됩니다3.
장기임대주택은 별도 공제가 있나요? 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택을 10년(8년) 이상 임대 후 양도하면 조세특례제한법 제97조의3에 따라 70%(50%)를 적용받을 수 있습니다3.
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국가법령정보센터, 「소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액)」, https://www.law.go.kr/법령/소득세법/제95조 (2026-07-01 확인). “① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 장기보유 특별공제액은 보유기간이 3년 이상인 것 및 조합원입주권에 대하여 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.” ↩ ↩2
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국세청, 「개인신고안내 — 양도소득세 세액계산 흐름도」, https://www.nts.go.kr/nts/cm/cntnts/cntntsView.do?mi=2310&cntntsId=7709 (2026-07-01 확인). “장기보유특별공제율(2021.1.1. ~ ) 토지·건물, 조합원입주권(승계취득한 경우는 제외) 3년이상 6%, … 15년이상 30%. 3년 이상 보유한 1세대 1주택 보유기간 3년이상 12% … 10년이상 40%, 거주기간 2년이상 8% … 10년이상 40%. 양도차익 - 장기보유특별공제 = 양도소득금액. 양도소득기본공제 250만원(미등기 양도자산은 적용 배제).” ↩ ↩2 ↩3 ↩4 ↩5 ↩6 ↩7 ↩8 ↩9 ↩10 ↩11 ↩12 ↩13 ↩14 ↩15 ↩16 ↩17 ↩18 ↩19
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국세청, 「개인신고안내 — 양도소득세 장기보유특별공제율」, https://www.nts.go.kr/nts/cm/cntnts/cntntsView.do?mi=2311&cntntsId=7710 (2026-07-01 확인). “’18.4.1.부터 조정대상지역 내 다주택자는 장특공제 배제. 거주자가 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택을 10(8)년 이상 임대 후 해당 주택을 양도하는 경우 70%(50%) 적용(조세특례제한법 §97의3, ’14.1.1이후 양도분부터). 6년 이상 임대 후 양도 시 임대기간에 따라 매년 2% 추가공제(조세특례제한법 §97의4).” ↩ ↩2 ↩3 ↩4 ↩5 ↩6 ↩7